يتكون الهيكل التنظيمي لمركز البحوث النفسية والتربوية من التقسيمات التنظيمية الآتية:
- مدير عام المركز.
- مكتب مدير عام المركز
- مكتب الشؤون القانونية.
- مكتب ضمان الجودة.
- مكتب التخطيط و المتابعة.
- مكتب المراجعة الداخلية.
- مكتب الإعلام وتقنية المعلومات.
- مكتب التعاون الدولي.
- مكتب التدريب والتطوير.
- إدارة الشؤون الإدارية والمالية وتتكون من الأقسام الآتية:
10-1: قسم الشؤون الإدارية.
10-2: قسم الشؤون المالية.
10-3: قسم العلاقات والخدمات العامة .
10-4: قسم الشؤون الفنية.
- إدارة الشؤون البحثية وتتكون من الأقسام الآتية:
11-1: قسم البحوث الوقائية والتوعية النفسية.
11-2: قسم بحوث الصحة النفسية والدعم النفسي الاجتماعي .
11 -3: قسم البحوث التربوية.
11 -4: قسم بحوث الإرشاد والتوجيه التربوي.
11-5: قسم بحوث التطبيقات التربوية واستراتيجياته.